重慶水務集團的前身為重慶市水務控股（集團）有限公司，成立于2001年1月11日，系由重慶市人民政府以其全資持有的國有企業重慶市自來水公司、重慶市排水有限公司、重慶市公用事業基建工程處、重慶公用事業工程建設承包公司、重慶公用事業投資開發公司等國有企業的權益出資設立的國有獨資有限責任公司。

2007年6月，重慶市國資委通過國有股權劃轉，將重慶市水務控股（集團）有限公司由國有獨資有限責任公司變更為兩名股東的國有控股有限責任公司。于本公司設立前，重慶市水務控股（集團）有限公司的股東分別為：（1）重慶市水務資產經營有限公司，持股比例為85%；（2）重慶蘇渝實業發展有限公司，持股比例為15%。2007年8月，重慶市水務控股（集團）有限公司股東會通過決議，同意以2007年6月30日經審計的凈資產賬面值595,178.12萬元折為股本430,000萬股，整體變更為重慶水務集團股份有限公司，凈資產賬面值超過認繳的注冊資本金額的部分165,178.12萬元計入公司資本公積金。其中，水務資產經營公司持有365,500萬股，占股本總額的85%；蘇渝公司持有64,500萬股，占股本總額的15%。